ebagaimana dimaklumi adanya suatu nama desa dapat diyakini mempunyai suatu latar belakang atau sejarah terhadap berdirinya suatu desa, sehingga nama tersebut dipakai. Namun untuk mengungkap sejarah Desa Bona secara pasti belum bisa dipastikan, karena belum adanya lontar yang bisa menjadikan patokan dalam menyusun sejarah Desa Bona.

Namun untuk mengobati rasa kehausan akan keingingan kita untuk mengetahui sejarah tentang keberadaan Desa Bona,kami mencoba mencari dan bertanya kessana kemari tentunya kepada penglingsir atau tetua – tetua Desa Bona. Dari hasil penelusuran itu, didapat berbagai argument maupun pendapat dari berbagai pihak diantaranya :

1.  I Gusti Ngurah Gede (Alm) dari puri Kanginan, Br Bona Kangin

2. Ida Pedanda Geria Kumpul semasih welaka mapesengan Ida Bagus

Nyoman Oka, Br kerti Yasa Bona Kaja

3.  I Ketut Suweca,  Mangku Pura Dalem Pasedana Br.Pasdana

4.  I Made Sija ( Seniman Dalang ) sastrawan dan Budayawan Br Dana

5.  I Ketut Buleleng Mudyana (Alm) Br Dana

Menurut I Ketut Suweca ( Mangku Pura Dalem Pasedana) Banjar Pasedana,pada  Zaman dulu sebelum Desa ini bernama Bona, sudah ada desa yang bernama Pasedana di bawah kekuasaan Kerajaan Puri Blahbatuh dengan didapatkan bukti tentang keberadaan Pura kahyangan Tiga, Pura Dalem dan Prajapati di Pasedana, Puseh Alit dan Pura Bale Agung. Sekarang masih ada yang diempon / diamong oleh pemaksan bukan termasuk Khayangan Tiga kecuali Pura Dalem Pasedana. Pada awalnya kata bona berasal dari dua suku kata yaitu Kebo dan Bana, karena berhubungan erat dengan sejarah peperangan antara kerajaan Gianyar melawan Kerajaan Blahbatuh, yang mempunyai wilayah kekuasaan sampai ke Desa Tedung dan Seronggo. Dalam peperangan itu kerajaan Gianyar dapat menaklukan Raja Blahbatuh, sehingga kedua desa diatas menjadi kekuasaan Raja Gianyar. Untuk memperkuat batas – batas kerajaan Gianyar, dengan Blahbatuh, disebelah barat sungai pekerisan dibikin kubon-kubon untuk menjaga wilayah timur kerajaan Blahbatuh.

Dan penduduk yang tinggal di tapal batas itu, diberikan ternak kerbau yang sangat banyak. Karena sangat banyaknya kerbau yang berkeliaran, dalam bahasa balinya disebutkan KEBO BANA. Dari dua suku kata itu, lama kelamaan disandikan atau digabungkan menjadi kata  “ BONA” ,pendapat ini dikuatkan oleh I Gusti Ngurah Gede (Alm) dan I Made Sija, yang mengatakan Bona berasal dari Kata Kubuan atau Kubon dan lama kelamaan disebut Bona. Pada saat itu yang memegang kekuasaan di Desa Bona adalah I Gusti Gede Tusan. Tokoh-tokoh yang lain menyebutkan kata Bona, sebelumnya ada yang mengatakan dari Kata “ Buana Ambu atau Aeng / Angker” ada juga bilang “Ambu Wana “ kesimpulan dari semua pendapat itu adalah Ambu atau “BO dan lama kelamaan mengalami evolusi kata Bona.

I Gusti Nyoman Gede Susila mencoba menelusuri jejak sejarah Desa Bona di balik sejarah purbakala. Pada hakekatnya Desa Bona adalah Desa yang tergolong sangat tua, bahkan sudah ada jaman pra sejarah dengan dibuktikan ditemukan berapa peti, sarcopagus dan kebudayaan itu ada pada tahun 2000 sebelum masehi (SM) atau abad ke 20 (SM). Pada saat itu sudah berkembang sumber daya manusia pada fase zaman batu dan sumber daya  alam dan sampai sekarang jeruk Bona mempunyai keunikan tersendiri. Kebudayaan zaman batu berkembang sampai abad ke 20 (SM) dan memasuki era sejarah sangat banyak ditemukan perkembangan seni,yang berasal dari batu.

Sedangkan untuk desa dinas awalnya bergabung dengan Desa Belega. Atas inisiatif dari tokoh tokoh masyarakat Desa Bona dan untuk memudahkan pelayanan administrasi kepada masyarakat. Sehingga tokoh tokoh masyarakat mengusulkan kepada pemerintahan daerah, agar Desa Bona menjadi Desa dinas tersendiri.

Sehingga tahun 1996 Desa Bona telah menjadi Desa Persiapan. Astungkara dalam waktu yang sangat singkat tepatnya pada 29 maret 1997. Desa Bona telah menjadi desa difinitif oleh Bapak Gubernur Bali Frof Dr Ida Bagus Oka (Alm).

Demikian sejarah singkat Desa Bona , kami mohon maaf apabila ada kekurangan atau kesalahan karena keterbatasan yang penulis miliki, melalui tulisan ini juga kami menghaturkan banyak-banyak terima kasih kepada leluhur kami yang telah memberikan segala limpahan yang kami nikmati selama ini.